NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI TRÊN HỆ GENE VI KHUẨN BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI - Lê Thị Bích Trâm; Lê Minh Quý; Bùi Liêm Chính; Trần Trọng Hội; Trần Thị Hạnh; Đinh Bá Tuấn; Vũ Thị Ngọc Anh; Trần Thị Lệ Quyên; Trịnh Thành Trung (Tạp chí Y học Quân sự, 2023)
Mục tiêu: Bổ sung một kĩ thuật mới trong định danh vi khuẩn B. pseudomallei bằng công nghệ giải trình tự gene thế hệ mới. Đối tượng và phương pháp: Ứng dụng kĩ thuật giải trình tự gene thế hệ mới trên hệ thống máy MiSeq (Illumina - Hoa Kỳ), giải trình tự toàn bộ hệ gene của hai chủng vi khuẩn B. pseudomallei. Đánh giá chất lượng giải trình tự gene bằng phần mềm FastQC. Định danh vi khuẩn bằng trình tự 16S rRNA sử dụng phần mềm Blast. Kết quả: Phần mềm FastQC cho thấy điểm chất lượng Q đạt trên Q30 (độ chính xác của đọc trình tự là trên 99,9%), chỉ số N50 của hai chủng vi khuẩn là 36.559 bp và 74.123 bp. Phần mềm Blast cho kết quả ở cả 2 chủng vi khuẩn là B. pseudomallei với độ bao phủ và độ tương đồng đều đạt 100%. Trình tự kiểu gene (ST) được xác định là ST 541, với kiểu alen của các “house-keeping” genes là ace: 3, gltB: 4, gmhD: 2, lepA: 3, lipA: 5, narK: 4 và ndh: 1. Sử dụng công cụ ABRicate, gene kháng kháng sinh beta-lactam được xác định ở cả hai chủng. Sử dụng cơ sở dữ liệu VFDB, xác định được 165 gene độc lực ở chủng NTW 21.1 và 171 gene độc lực ở chủng SS 1 240’.